我國自民國99年起，秉持國防組織持續精進的理念，在有限的國防資源及兼顧最大投資效益下進行組織調整規畫，並取得「符合打的需求」與「財力可負擔」兩者間平衡，以適切的兵力結構建立現代化國軍，完成國防轉型任務。
一、國防體制與權責
我國國防體制架構與權責如下：
（一）總統：總統行使統帥權指揮三軍，直接責成國防部部長，由部長命令參謀總長指揮執行之。
（二）國家安全會議：總統為決定國家安全有關的國防政策，或因應重大緊急情勢，得召開國家安全會議。
（三）行政院：行政院制定國防政策，統合整體國力，督導部會執行與國防有關事務。
（四）國防部：主管全國國防事務，提出國防政策建議並制定軍事戰略。國防部部長掌理全國國防事務；另國防部設參謀本部，置參謀總長1人，承部長命令負責軍令事項指揮軍隊。
二、組織架構
（一）國防部組織體系：依「國防法」及「國防部組織法」規定，部長掌理全國國防事務，並置副部長2人、常務次長2人，襄助部長指導部本部單位及所屬機關（構）；另設參謀本部及直屬軍事機關，以建構「權責相符」、「分層專業」的國防組織，使國軍能成為優質的現代化軍隊。
（二）國防部幕僚單位暨所屬機關（構）：幕僚單位、所屬機關（構）分受副部長、常務次長指導，組織體系如下：
1.國防部幕僚單位：設戰略規畫司、人力司、資源司、法制司、軍法司、後備事務司、部長辦公室、史政編譯室、督察室、整合評估室、人事室、會計室。
2.直屬機關（構）：設總政治作戰局、軍備局、主計局、軍醫局及駐外軍事機構或人員。
（三）國防部參謀本部：國防部參謀本部置參謀總長1人，副參謀總長執行官1人，副參謀總長2人，並由參謀本部編設特業機構、執行機構與支援機構及部隊，以及依令編配之機關、作戰部隊所組成。
（四）軍事機關：國防部設陸軍司令部、海軍司令部、空軍司令部、聯合後勤司令部、後備司令部、憲兵司令部及其他軍事機關。
三、兵力結構
國防部為建立適應新時期的精銳國軍，針對戰爭型態、軍事戰略、國軍作戰需求、國家總體資源分配等分析及研討，完成國軍「精粹案」兵力結構調整規畫，並依「精簡高司幕僚組織」、「汰除老舊裝備」、「檢討行政、後勤人力委外」等原則，將未來國軍總員額調整為21.5萬人。
（一）兵力結構調整考量因素
1.戰略形勢的改變：近年兩岸國力與軍力對比差異日益擴大，未來中國大陸在軍費規模上，將逐步增強軍事威懾力度；此外，對岸現階段軍事戰略核心概念已調整為「攻防兼備」與「攻防一體」，注重遏制危機和戰爭，致力於應對多種安全威脅及達成多樣化的軍事任務。在此情形下，國軍戰略思維應採「創新與不對稱」用兵方式，以避免捲入傳統式的消耗戰。
2.作戰理念的轉化：研析臺海現況，我國已將「勝戰」的定義由以往的「全面打贏敵人」，調整為「擊敵於海峽半渡，不讓其登島立足」，且將兵力結構規畫聚焦於爭取此一關鍵時空下的相對戰力優勢，期在此思維下，以「小而精、小而強、小而巧」的部隊達到防衛固守的目的。
3.兵役制度的革新：當前面臨多樣化威脅及多重任務的環境下，先進武器裝備須透過專業的技能訓練、綿密的整合程序，才能維持訓練強度與作戰效能；因此，國軍積極推動「募兵制」，期建構可立即投入作戰的專業勁旅，以取代義務役兵員組成的傳統部隊，減輕其因役期縮短、兵員進退頻繁、長期培訓等對部隊戰備訓練的沈重負荷。
4.人力資源的現實：隨著社會結構改變，國家人力獲得困難度將增加，因此調整役期，避免因服兵役而影響多數成年男子的生涯規畫，使國家總體人力資源效益能有效發揮。
（二）兵力結構規畫
1.調整原則：國軍採「精簡高層、充實基層」的原則，以精簡行政、後勤人力為優先，採「平行簡併、垂直整合」方式調整高司組織，使權責相符，期能建立組織精簡、效能提升的精銳國軍。
2.調整方向：為符「依法行政」原則，研擬「國防部組織法」等6種組織法，經行政院送立法院審議，後續視審議結果，實施組織調整。
3.兵力結構調整：依立法院「國防部組織法」等6種組織法審議結果，實施調整，未來整併後之部隊結構如下：
（1）陸軍部隊：平時戍守本島、外島各地區，以建置基本戰力
與整備應變作戰能力為主，執行應急戰備任務，並依令支援反恐行動及主動協助地區災害防救；戰時各作戰區（防衛部）及所屬部隊，受「國軍聯合作戰中心」指揮，聯合海、空軍地面兵力作戰，確保國土安全。
（2）海軍部隊：平時負責臺海偵巡、維護海域安全及主動協助地區災害防救；戰時聯合友軍遂行反制，並阻敵對我的海上封鎖或武力進犯，以維護對外航運暢通，確保國家安全。
（3）空軍部隊：平時負責臺海偵巡、維護臺海空域安全，堅實戰備整備及部隊訓練任務，主動協助災害防救；戰時全力爭取制空權，並協同陸、海軍遂行各類型聯合作戰，以有效發揮空軍作戰效能。
100.
9. 19