全球暖化是近年來最受矚目的環保議題，而臺灣南部海域珊瑚礁生態的改變，也反映出這個現象。由國科會與中研院生物多樣性研究中心合作的研究顯示，墾丁核三廠出水口的水溫較周邊海域高出攝氏1.5到2度，而附近的軸孔珊瑚礁群種也銳減至三種，若再不積極維護，未來恐將再也看不到美麗的珊瑚礁景色。
一、全球珊瑚礁面臨白化
水溫上升是珊瑚白化的元凶，珊瑚白化的形成是因為共生藻的色素減少、共生藻度降低或離開珊瑚宿主後所呈現的白色碳酸骨骼；若海水高溫不退，珊瑚就可能死亡。
1998年全球珊瑚礁大白化造成近三成的珊瑚礁消失；2007年墾丁珊瑚白化也導致二成五的覆蓋率消失。核三廠二十多年來排放熱廢水，產生人造高溫，使得出水口水溫上升攝氏1.5到2度，珊瑚礁也出現白化現象。而附近功能群豐富的枝狀軸孔珊瑚群聚，也改由小型團塊狀、平鋪狀以及葉片珊瑚為主的抵抗型群聚取代，某些列孔珊瑚及大型軸孔珊瑚也在出水口附近消失。
二、珊瑚死亡影響海洋生態
枝狀軸孔珊瑚提供礁類魚類良好的棲息環境，如今這些功能豐富的珊瑚消失，不僅減少生物多樣性，更影響海洋生物的生長；而較不耐熱的萼狀珊瑚、列孔珊瑚及大型軸孔珊瑚也因無法適應水溫上升而在出水口淺海域死亡。
三、未來珊瑚礁恐消失
珊瑚礁是地球上最古老與最大的生物機體，不但豐富生物多樣性，更提供高經濟產值與蛋白質來源；但受到環境汙染、棲地破壞、颱風與全球暖化的影響，珊瑚礁已受到嚴重威脅。若本世紀末海水溫度升高攝氏1.8到4度，珊瑚白化的頻率與強度將會持續增加，甚至死亡；到了2050年，墾丁、綠島及蘭嶼等海域將再也看不到美麗的珊瑚礁。臺灣必須正視這個問題，呼籲全民共同維護南臺灣美麗的海岸風光。