近年來網路上盛傳喝檸檬水的諸多功效，像是使體質由酸變鹼、抗氧化和美白等，都讓許多希望保持身體健康、排毒減肥的人士趨之若鶩。不可諱言檸檬水確實具有能夠維持人體生理功能的維生素C，還含有鉀和纖維，但檸檬水不是萬靈丹，過度飲用會引發不良反應；甚至有人以為喝愈高濃度愈好愈有效，但卻造成傷身而不自知。以下是可能的負面效應：
1.侵蝕牙齒琺瑯質：琺瑯質本是保護牙齒不受細菌侵入，但檸檬的高酸度會削弱牙齒琺瑯質，造成牙齒脆弱並有蛀牙危險。
2.胃潰瘍與胃食道逆流，易感噁心和胃灼熱：過量飲用容易刺激食道和胃壁黏膜，也會刺激胃酸分泌，如果空腹喝更可能引發胃痛。腸胃不好的人更要注意高濃度檸檬水所帶來的胃部不適症狀，嚴重時會導致胃穿孔。
3.易形成腎臟和膽囊結石：檸檬含有草酸鹽，人體攝取過量會導致其結晶化，並可能演變成腎結石和膽囊結石。
4.脫水：檸檬是天然利尿劑，但若不能同時補充水分，又不斷頻尿，反而傷身。
5.增加過多熱量：許多人喝檸檬水會加砂糖或蜂蜜調味，這些添加物的熱量不可小覷，喝多反而增胖。
檸檬水功效迷思多 均衡飲食最重要
至於喝檸檬水能使體質「由酸變鹼」也是一種迷思，實際上血液的酸鹼度是恆定的，
並不會被特定食物或飲食方式改變。另外檸檬皮所含鞣酸質，或稱單寧酸，可在腸道中結合蛋白質和膽固醇，成為團塊後再形成糞便排出體外；但若將檸檬片泡熱水，將導致更多的鞣酸質釋出，反而容易使胃收縮，使胃痛和胃食道逆流症狀加劇。而所謂檸檬水能夠防癌、強化心血管壁和降低膽固醇，目前也沒有確實的研究能夠證明這些效果。當然檸檬水確實是對身體有益也能延緩老化，但是若想達到克服慢性疾病，還是要飲食均衡且配合運動才是最佳方式。
檸檬水也經常被標榜具美白功效，甚至許多藝人都聲稱自己就是以飲用檸檬水來養顏美容。雖然維生素C有抗氧化作用，但是在檸檬水裡的含量有限，還是要充分攝取各色蔬果才能真正達到功效。